Pohon Bonsai umumnya dikategorikan berdasarkan ukuran berdasarkan tinggi dan karakteristiknya. Klasemen ukuran bonsai adalah sebagai berikut:
1. **Keshitsubo**
- Ukuran: 3-8 cm
Bonsai terkecil, juga dikenal sebagai " Bonsai mini. "
2. **Shito**
- Ukuran: 5-10 cm
Bonsai yang sangat kecil yang membutuhkan perawatan yang teliti.
3. **mame**
- Ukuran: 10-20 cm
- Bonsai kecil yang sangat populer.
4. **Shohin**
- Ukuran: 20-25 cm
- Bonsai berukuran kecil yang masih mudah dibawa dan dipajang.
5. **Komono**
- Ukuran: 25-40 cm
- Bonsai ukuran sedang.
6. **Chuhin**
- Ukuran: 40-60 cm
- Sedikit lebih besar dari Komono.
7. **Omono**
- Ukuran: 60-100 cm
- Bonsai besar yang membuat kehadiran yang mencolok.
8. **Hachi-uye**
- Ukuran: 100-120 cm
- Bonsai tinggi cocok untuk pameran.
9. **Imperial**
- Ukuran: Lebih dari 120 cm
Bonsai terbesar, sering ditemukan di istana atau tempat penting.
Memilih ukuran bonsai yang tepat tergantung pada ruang yang tersedia dan kemudahan pemeliharaan. Untuk ruang terbatas, seperti di dalam ruangan, disarankan untuk ukuran yang lebih kecil seperti Shohin atau Mame.